SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的...

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰......

废铁城中一位叫艾德的医生，有天在垃圾山上找到一个少女的机械残躯。原来她的脑袋还保持著假死的状态，艾德成功把她救活并为她改名为凯丽，但她已失去了以前的记忆。艾德除了是医生外，原来也是奖金猎人。在缉捕犯人的战斗他清楚知道废铁城的黑暗，所以他希望凯丽能像个普通女孩子般过著幸福的生活。但在一次偶然的机会下，发现凯丽原来懂得已失传的火星古武术「机甲术」。虽然记忆失去，但她身体流著战斗的血，令她不理艾德的反对...